Das strömende Wasser und die wechselnden Wasserstände lassen ein Nebeneinander zahlreicher Lebensräume entstehen. Der Flusslauf verlagert sich, allmählich oder plötzlich, dabei entstehen Altarme, die wieder verlanden, frühere Flutrinnen werden zum neuen Flusslauf. Wenn im Sommer bei hoher Verdunstung wenig Niederschlag fällt, ist der Wasserstand niedrig. Dann tauchen Inseln, Sandbänke und Kiesufer auf. Nach starkem Regen oder zur Schneeschmelze nimmt die Wassermenge dagegen zu, die Aue wird überflutet.
Im Fließgewässer selbst herrschen vielfältige Bedingungen: Das Wasser fließt mal schnell, mal steht es fast, oben ist’s warm, tief unten viel kühler. Ufer und Grund sind aus Kies oder Sand, Schlick oder Schlamm. Das Flussbett ist breit oder schmal, tief oder ganz flach.
Tiere und Pflanzen brauchen die Vielfalt und die stete Veränderung, sie sind gerade daran angepasst. So ist es möglich, dass in einem Fluss Arten mit ganz verschiedenen Ansprüchen und Lebensweisen nebeneinander vorkommen. Der Steinbeißer ist an sandige und feinkiesige Substrate gebunden, die zum Beispiel durch immer wieder abbrechende Uferkanten erhalten werden. Welse brauchen Gewässer, die sich im Sommer stärker erwärmen. Sie bevorzugen daher Altarme und meiden die stärker strömenden Bereiche.
Manche Arten besiedeln nur die schnell fließenden Oberläufe, andere haben dort ihre Laichplätze. Barben laichen an überströmten Kiesbänken, Hechte suchen dazu verkrautete Uferstellen oder überschwemmte Wiesen auf. Welse laichen bei einer Wassertemperatur von mindestens 20 Grad, Quappen hingegen bei nur 3 Grad Celsius.
Die in den Flüssen und Bächen lebenden Tiere halten sich im Laufe ihres Lebens in verschiedenen Abschnitten auf. Die meisten Fische wandern mehr oder weniger weit, Aal und Lachs sogar bis ins Meer. Die Aale wandern zum Laichen dorthin; bei den Lachsen ist es umgekehrt, sie ziehen zur Eiablage die Flüsse hinauf.
Jeder Fluss hat seine typische Fischfauna. Darunter gibt es häufige und seltene Arten, manche waren früher weiter verbreitet als heute, andere sind erst in den letzten Jahrhunderten oder Jahrzehnten hinzu gekommen.